Le Musée d’Auxonne a été fondé en 1863 par Jean-Baptiste Paget-Pontus ; c’est à l’origine un petit musée de peinture dont les collections augmentent grâce aux dons ou mises en dépôt par des Auxonnais, de souvenirs du séjour de Bonaparte à Auxonne (1788-1791). L’Etat sollicité envoie quelques œuvres et en 1879 le musée s’installe dans un vaste bâtiment, situé dans la rue principale où il restera jusqu’en 1970. Il prend en 1949 le nom de Musée Bonaparte.
En 1970 le Musée s’installe dans la Tour Notre-Dame au Château et, par manque de place il met en dépôt sa collection d’armes au Musée du 511e Régiment du Train, dans les Casernes historiques d’Auxonne.
A l’étroit dans une tour d’artillerie à trois niveaux, desservie par un seul escalier à vis, le Musée cherche aujourd’hui un lieu plus accessible pour mieux présenter ses collections dont une grande partie est dans une réserve.
