Le musée est actuellement en refondation. Les collections d’archéologie et d’histoire naturelle sont présentées lors d’expositions temporaires et à l’occasion des manifestations nationales (Nuit des musées, Journées nationales de l’Archéologie, Journées européennes du Patrimoine, Fête de la Science, Journées nationales de la Géologie…) dans les salles du musée du Jura, place Philibert-de-Chalon.