Créé en 1977, le Musée de Pontarlier occupe l’une des plus anciennes demeures de Pontarlier (XVe siècle). Le bâtiment a conservé un bel ensemble de vitraux de style Art Nouveau et des poutres ornées de motifs historiés peints datées du XVIIe siècle.
Le Musée de Pontarlier présente sur trois niveaux des collections liées à l’histoire de Pontarlier et à celle de l’absinthe, des collections archéologiques (de la Préhistoire au Moyen Age), des peintures comtoises et des faïences.