Situé dans les bâtiments conventuels de l’ancienne abbaye Saint-Germain, le musée Saint-Germain offre sur trois niveaux un circuit archéologique complet de la préhistoire à la fin du Moyen Âge.
Les collections archéologiques proviennent des fouilles anciennes et des chantiers récents à Auxerre ou dans la région.
SALLES OUVERTES AU PUBLIC
-  Salle préhistoire
-  Salle d’archéologie méditerranéenne
-  Salle d’archéologie gallo-romaine
-  Salle des moines, organisée autour d’une maquette de l’abbaye et d’un moine copiste, évoque l’histoire du site ainsi que l’activité du scriptorium (atelier d’écriture).
-  Salle de la vie quotidienne au Moyen Âge, présente diverses collections : bijoux, outils, armes, statues, issues de trouvailles anciennes ou fouilles récentes, tant d’habitats que de nécropoles, à Auxerre et dans la région.
-  Salle de numismatique présentant notamment l’exceptionnelle collection Gariel. Monnaies et médailles frappées en bourgogne depuis les temps mérovingiens.
-  Sacristie, consacrée à l’évêque Saint-Germain (378-448) est centrée sur l’exposition d’une pièce majeure le « suaire » du saint, exceptionnel tissu byzantin de l’An mil.