Les collections du musée sont riches et diversifiées : archéologie, peinture, sculpture, orfèvrerie des XIX et XXe siècles...
Parmi ses collections, le musée présente des œuvres exceptionnelles de Georges Rouault, les « Stella » et les gravures du « Miserere » inspiré par la Guerre de 14-18. Une salle est consacrée à Jean Després, avallonnais d’adoption et orfèvre art-déco de renommée internationale des années 1920-1930.
Accessible PMR & personnes en situation de handicap au rez-de-chaussée par le jardin Jacques Schiever.